على الرغم ممّا تحظى به شهادة البكالوريا الدولية من اهتمام وإقبال من الطلاب في مختلف أنحاء العالم، إلاّ أن لها بالمقابل بعض السيئات والمساوئ التي قد تدفع البعض للعزوف عنها، ونذكر من هذه السلبيات:

• طول مدّة الدراسة، حيث أنّ نظام البكالوريا الدولية للمرحلة الثانوية يمتدّ لسنتين كاملتين، وهي فترة طويلة مقارنة مع بقية المناهج المختلفة، التي تستغرق في العادة سنة واحدة.
• الحمل الدراسي الكبير، وذلك لأن هذا النظام لا يركّز فقط على التلقين، فإلى جانب الدروس والواجبات، يتعيّن على الطلاب العمل على تقديم تقارير وعروض تقديمية ومشاريع في كلّ واحدة من المواد الستّ الإجبارية، وهو حمل كبير لا يتحمله الكثير من الطلاب.
• الجمود، إذ يعد نظام البكالوريا الدولية IB نظامًا جامدًا يشتمل على 6 مواد إجبارية مقسّمة على ستّ فئات مختلفة. واختيار المواد يعتمد اعتمادًا كبيرًا على ما تقدّمه المدرسة التي التحقت بها، لذا فالطلاب عادة لا يملكون الكثير من الحرية في اختيار المواد التي يرغبون في دراستها.